Wicked gaat over 2 heksen Elphaba en Galinda, die na een ruzie uiteindelijk vriendinnen worden en ze worden ook verliefd op dezelfde man; Fiyero. Ze gaan samen naar de Tovenaar van Oz en ze komen erachter dat hij ervoor zorgt dat de dieren niet meer kunnen praten. Elphaba wil niet meewerken om de apen als spionnen te gebruiken, maar alleen zij kan de Grimmerie lezen. Dus de Tovenaar wil ze niet laten ontsnappen. Uiteindelijk vliegt Elphaba weg op een bezem en Galinda blijft over, aangezien zij niks verkeerds heeft gedaan. Elphaba verdwijnt.
Ondertussen krijgt Glinda (ze had haar naam veranderd om indruk te maken op Fiyero) de macht in Oz. Als ze Elphaba’s zusje Nessarose vermoorden om Elphaba op te sporen komt Elphaba terug. Als ze haar begraafplaats is het een list en daar is Fiyero met bewakers om haar te pakken, maar Fiyero houdt van haar en samen vluchten ze naar het bos. Fiyero wordt gepakt door de bewachters. Elphaba doet allemaal spreuken in de hoop dat hij in leven blijft, wat ze ook gaan doen. Maar ze denkt dat het is mislukt en beschouwt haar reputatie als ‘slecht’. Als Glinda merkt dat er een heksenjacht is gaat ze naar Elphaba om haar te waarschuwen. Glinda zegt dat ze Dorothy (iemand die Elphaba gevangen houdt) moet vrijlaten maar Elphaba weigert. Elphaba doet aardig tegen haar, ook al heeft Glinda gezegd dat haar zusje haar zwakke schakel is (maarja Elphaba heeft Fiyero van Glinda ‘afgepakt’). Als de menigte aankomt, gooit Dorothy een emmer water over Elphaba en ze smelt. Glinda ontdekt dat de Tovenaar van Oz de vader van Elphaba is en ze zegt dat hij Oz moet verlaten. Morrible stuurt ze naar de gevangenis, omdat ze de Tovenaar hielp. Daarna spreekt ze de burgers van Oz aan en ze zegt dat de heks dood is.